CHP TBMM Grup Başkanvekili Özgür Özel, Üniversitelerin idari, akademik ve mali açıdan daha özerk hale getirilmesi için Meclis'te bir araştırma komisyonu kurulmasını istedi. Özel'in, TBMM Başkanlığına sunduğu araştırma önergesinin gerekçesinde, 29 Ekim 2016 tarihinde yayımlanan kararnameyle seçimlerin kaldırılarak rektörlerin, YÖK’ün önereceği üç aday arasından cumhurbaşkanınca atanması uygulamasına geçildiği anımsatıldı. Rektörlük seçimlerinin kaldırılmasının, rektör atanmak isteyen öğretim üyelerinin akademik başarı, uluslararası yayın, liyakat ve öğrencilerle iyi ilişkiler geliştirmek yerine, aynı zamanda bir siyasi partinin genel başkanı olan cumhurbaşkanı ve onun emrindeki siyasi kadrolarla iletişim kurmayı tercih etmesine neden olduğu savunuldu. Gerekçede, iktidar partisinin, üniversite sayısını artırmayı ve her ilde üniversite açmış olmayı bir övgü vesilesi olarak dile getirdiği ancak üniversitelerin bilim üretme kapasitelerinin düştüğü, üniversitelerin uluslararası kuruluşların sıralamalarında daha geriye gittiği öne sürüdü. Yapılan bir araştırmaya göre, 36 rektörün uluslararası hakemli dergilerde hiç makalesinin bulunmadığını, 8 rektörün 1 yayını, 10 rektörün 2 yayını, 6 rektörün ise 3 yayını bulunduğunun vurgulandığı gerekçede, bu rakamların, liyakat ilkelerinin hiçe sayıldığını, atamaların siyasi saiklerle yapıldığını, yükseköğretim sisteminin kalitesizleştiğini gösterdiği ifade edildi. Gerekçede, Anayasanın yükseköğretim kurumlarına ilişkin 130’uncu maddesi, üniversiteleri bilimsel özerkliğe ve kamu tüzel kişiliğine sahip, ülkenin ihtiyaçlarına uygun insan gücü yetiştiren, bilimsel araştırma, yayın ve danışmanlık yapan kurumlar olarak tanımlamaktadır. Üniversitelerimizin idari, mali ve akademik özerkliğe sahip olmaları, üniversitelerimizi dünyadaki diğer üniversitelerle daha fazla rekabet edebilir hale getirecektir denildi.